Organizacja Warszawskiej Olimpiady Młodzieży w relacji szkolnej ma na celu:
- aktywne uczestnictwo dzieci i młodzieży w szkolnych i międzyszkolnych imprezach sportowych stanowiących kontynuację celów i zadań ogólnego wychowania fizycznego i zdrowotnego;
- tworzenie każdemu warunków do czynnego uczestnictwa w różnych formach współzawodnictwa sportowego;
- propagowanie zdrowego i aktywnego stylu życia;
- wyłonienie szkół reprezentujących Warszawę w Mazowieckich Igrzyskach Młodzieży Szkolnej.